Иван Петрович Прокофьев в 1920 г. был приглашен в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского. За годы работы поставил учебный курс «Сопротивление материалов» и впервые в мире сформировал специализированную дисциплину «Строительная механика аэроплана».

Участвовал в строительстве железнодорожных мостов по всей России в качестве техника, инженера-строителя, помощника начальника цеха.

В 1906 г. начал преподавательскую работу в Московском Императорском техническом училище (ныне МГТУ им. Н. Э. Баумана).

В 1912 г. Иван Петрович Прокофьев поступил на работу в Инженерное отделение Московского сельскохозяйственного института (ныне РГАУ — МСХА), где в 1912—1913 гг. читал лекционный курс строительной механики.

Широко известна деятельность И. П. Прокофьева по восстановлению железнодорожных мостов, разрушенных на ряде направлений в годы Гражданской войны.

В 1930—1932 гг. И. П. Прокофьев одновременно возглавлял несколько кафедр в технических институтах, в том числе МИМЭСХ (ныне МГАУ им. Горяч-кина), МАДИ и МИИПС (ныне МИИТ).

В 1934 г. И. П. Прокофьеву присвоена ученая степень доктора технических наук. В 1943 г. за плодотворный труд И. П. Прокофьеву было присвоено звание генерала и должность директора путей сообщения.

Награжден 2 орденами Ленина и 2 орденами Трудового Красного Знамени.