С 1948 г. Евгений Аркадьевич Негин после защиты кандидатской диссертации начал преподавательскую деятельность на кафедре стрелкового вооружения в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского.

С 1949 г. Е. А. Негин — сотрудник КБ-11 в г. Сарове. Начав с должности младшего научного сотрудника, он вскоре стал заместителем начальника сектора по научным вопросам. В 1959 г. Е. А. Негин — главный конструктор, а с 1966 г. — первый заместитель научного руководителя КБ-11. В последующие годы он работал на самых ответственных должностях — директора (1978—1987) и одновременно главного конструктора ядерных зарядов и первого заместителя научного руководителя крупнейшего научного ядерного центра. С 1988 г. он еще 10 лет продолжал работать в этом же центре как советник директора института и начальник лаборатории исторических исследований.

Основные направления научной деятельности Е. А. Негина связаны с газовой динамикой, механикой, вычислительной техникой, полигонными испытаниями ядерных зарядов.

Академик, доктор технических наук, профессор Е. А. Негин внес один из решающих вкладов в создание современного ядерного оружия. Под его руководством значительно повышена удельная мощность ядерных зарядов, увеличена их стойкость к поражающим факторам ядерных взрывов.

Награжден 4 орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, 2 орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды и многими медалями.