После окончания училища Сергей Николаевич Казарин проходил службу начальником группы обслуживания авиационного оборудования бомбардировочного полка. В 1984 г. был зачислен слушателем ПРИС факультета авиационного оборудования академии. После успешного окончания академии был оставлен в адъюнктуре. Проходил службу в научно-исследовательской лаборатории автоматизированных систем сбора и обработки данных воздушной разведки академии в должностях от старшего научного сотрудника до начальника НИЛ.

Проявил себя талантливым ученым и грамотным организатором.

С 1997 г. — начальник кафедры «Приборное, высотное и оптико-электронное авиационное оборудование», с 1999 г. — начальник факультета авиационного оборудования.

Является автором 85 научных работ.

После увольнения из Вооруженных Сил С. Н. Казарин работает заместителем начальника управления ФГУП «Системпром». Являлся членом специализированного совета академии.

Награжден 5 медалями.