После окончания училища Юрий Михайлович Шабатура проходил службу на инженерных должностях в частях ВВС. В 1982 г. поступил в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского, по окончании которой проходил службу на должности старшего инженера авиационной дивизии по средствам РЭБ.

В 1985 г. поступил в адъюнктуру ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского, после окончания которой был оставлен в академии для дальнейшего прохождения службы в научно-исследовательской лаборатории, где занимался поисковыми исследованиями в области перспективных средств РЭБ.

С 2000 по 2004 г. Ю. М. Шабатура — начальник кафедры РЭБ. В этот период были организованы новые виды подготовки специалистов по РЭБ, а также активное подключение профессорско-преподавательского состава кафедры к подготовке и проведению исследовательских учений.

После увольнения из рядов Вооруженных Сил Ю. М. Шабатура работал ведущим научным сотрудником ФГУП «Летно-исследовательский институт им. М. М. Громова», с 2006 г. — руководитель отделения научно-технического комплекса ЗАО «Национальный научно-технический центр радиоэлектронной разведки и радиоэлектронной борьбы». С 2009 г. — ведущий научный сотрудник ГК «Ростехнологии», ОАО «Радиоэлектронные технологии».

Автор более 80 научных публикаций.

Награжден рядом медалей.