После защиты диссертации Виктор Викторович Чернышев был оставлен для дальнейшего прохождения службы в академии в научно-исследовательской лаборатории факультета радиоэлектронного оборудования. В 1975 г. назначен на должность заместителя начальника кафедры квантовых и радиотехнических устройств, где проявил себя как грамотный методист и незаурядный педагог.

После увольнения из Вооруженных Сил В.В. Чернышев был избран по конкурсу на должность заведующего кафедрой физики, которая в 1995 г. была переименована в кафедру физики и физической химии.

С 1990 г. был заместителем председателя, а с 1995 г. — председателем Президиума научно-методической комиссии по физике при Управлении военного образования МО РФ. Под его руководством комиссией рассмотрен и принят к реализации ряд предложений по проблемам организации военного образования, в том числе по концепции преподавания физики в вузах МО РФ, на основании которой была создана базовая программа по физике.

Профессор В.В. Чернышев активно участвовал в работе Ассоциации кафедр физики технических вузов РФ, был членом редколлегии журнала «Физическое образование в вузах».

Автор более 50 печатных работ, среди которых монография, учебно-методические и научные работы, используемые в педагогической практике. В 2008 г. им создана электронная версия учебного пособия «Курс общей физики» для курсантов и слушателей.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени и многими медалями СССР и РФ.