После окончания училища Станислав Степанович Фоменков проходил службу в должности авиационного техника гвардейского авиационного полка Кавказского ВО. В 1965 г. был переведен на службу в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского на должность инструктора практического обучения кафедры авиационных комплексов и конструкции летательных аппаратов, где исполнял должности инженера, начальника отделения и начальника учебной лаборатории.

Учеба в академии и полученный в войсках опыт позволили ему успешно руководить творческим коллективом специалистов лаборатории по созданию учебно-экспериментальных установок, натурных макетов агрегатов и плакатов, обслуживанию действующих систем различных типов ЛА с целью обеспечения базовой и практической подготовки будущих инженеров в области определения облика и ресурса летательного аппарата, изучения работы элементов его конструкции и прочностных характеристик.

В 1976 г. С. С. Фоменков приказом ГК ВВС был переведен в Центральный аппарат ВВС и назначен на должность инженера-инспектора, а затем он исполнял функции старшего инженера-инспектора Управления высших учебных заведений ВВС. Непосредственно занимался организацией подготовки инженерных и технических специалистов в Иркутском, Харьковском, Киевском ВВАИУ и Харьковском ВВАИУ РЭ. Постоянно поддерживал связь с ВВИА с целью внедрения в образовательный процесс этих вузов передового опыта академии.

После увольнения из Вооруженных Сил Станислав Степанович более 17 лет работал в академии. С октября 1993 г. работал в академической библиотеке в качестве ее начальника, а с апреля 1999 г. он возглавлял методический кабинет учебного отдела.

Автор (соавтор) более 20 разработок по организации образовательного процесса и методической работы в академии. Член совета ветеранов академии.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени, орденом «Знак Почета» и 12 медалями.