После окончания училища старший матрос Борис Алексеевич Бахарев был направлен в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского и после успешной сдачи вступительных экзаменов стал слушателем факультета авиационного вооружения.

Закончив с отличием академию, был назначен в один из научно-исследовательских институтов ВМФ, где участвовал в работах по обоснованию ТТТ к перспективным системам авиационного вооружения самолетов авиации ВМФ. После окончания адъюнктуры и защиты кандидатской диссертации Б. А. Бахарев был назначен на должность старшего научного сотрудника научно- исследовательской лаборатории кафедры прицельных систем бомбометания.

С 1961 по 1969 г. принимал участие в НИР, посвященных совершенствованию прицельных систем бомбометания и обоснованию их ТТХ. В 1969 г. Б. А. Бахарев был назначен заместителем начальника факультета авиационного вооружения. В эти годы в академии проводилась большая работа по усилению военно- эксплуатационной направленности обучения, по повышению требований к подготовке офицерских кадров, закладывались основы дисциплин для опережающей подготовки инженерных кадров ВВС на авиатехнику 3-го и 4-го поколения. Борис Алексеевич принимал активное участие в разработке многочисленных учебных планов различного уровня обучения слушателей, а также других документов, регламентирующих образовательный процесс. Внес большой вклад в высококачественную подготовку инженерных авиационных военных специалистов.

Автор более 40 научных работ, среди которых учебные и методические пособия, отчеты по НИР, изобретения.

После увольнения из Вооруженных Сил работал доцентом кафедры «Прицельные системы стрельбы и бомбометания». Ученый секретарь совета ветеранов академии.

Б. А. Бахарев неоднократно поощрялся Министром обороны, Главкомом ВВС и командованием академии.

Награжден орденом Красной Звезды и рядом медалей.