Сергей Филиппович Бородкин приобрел опыт эксплуатации экспериментальной авиационной техники при прохождении службы в одном из летно-испытательных центров с 1964 по 1968 г. После окончания адъюнктуры он на преподавательской работе в академии. Начальник кафедры «Динамика полета» (1994—2004).

Им была предложена модификация прямого вариационного метода, позволяющая решать задачу с подвижным правым концом (т. е. применительно к маневрирующим целям), исследованы закономерности боевого маневрирования самолета с поворотом вектора тяги при уничтожении малоскоростных воздушных целей.

В период освоения современной вычислительной техники Сергей Филиппович Бородкин участвовал в разработке и был одним из первых на факультете лекторов новых дисциплин «Основы программирования и применение вычислительной техники», «Информатика и ЭВМ».

Автор и редактор руководств по проведению различных видов занятий, методических указаний по изучению ряда дисциплин, является редактором научных сборников, соавтором учебника «Аэродинамика и динамика полета маневренных самолетов» (2006 г.). Общее количество работ – более 50, из них 15 учебно-методических работ и более чем 20 отчетов по НИР.

Подготовил 3 кандидатов технических наук.

Награжден рядом медалей СССР и РФ