После окончания академии Махасим Юнусович Рафиков проходил службу ведущим инженером Управления испытаний авиавооружения ГК НИИ ВВС. После успешной защиты кандидатской диссертации он был оставлен для дальнейшего прохождения службы в академии на преподавательской работе. С 1974 по 1990 г. — начальник кафедры ракетно-артиллерийского вооружения и боевой эффективности. После увольнения из Вооруженных Сил он работал профессором этой кафедры.

М. Ю. Рафиков являлся высококвалифицированным ученым в области авиационного вооружения и талантливым педагогом, один из основоположников научной школы систем управления авиационным вооружением.

За участие в работах по созданию новых образцов авиационной техники М. Ю. Рафиков был удостоен Государственной премии Совета Министров СССР, а за заслуги в области высшего образования СССР награжден нагрудным знаком «За отличные успехи в работе».

Автор более 150 научных трудов, в том числе 12 учебников для академии и авиационных училищ, многочисленных научных статей и учебных пособий.

Под его руководством подготовлено 19 кандидатов технических наук, свыше 90 дипломников, на кафедре создан ряд специализированных классов по комплексам авиационного вооружения современных самолетов.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени, 13 медалями.