После окончания академии Борис Владимирович Барков продолжил обучение в адъюнктуре на факультете авиационного оборудования. По завершении обучения в адъюнктуре был направлен на должность преподавателя в Тамбовское высшее военное авиационное инженерное училище, где проходил службу до поступления в докторантуру академии на факультет авиационного оборудования. Завершение работы над докторской диссертацией на актуальную для ВВС тему явилось предпосылкой для назначения Б. В. Баркова на должность начальника кафедры «Метрологическое обеспечение авиационной техники».

В этот период Б. В. Барков проявил себя как сформировавшийся исследователь и грамотный педагог. После назначения Бориса Владимировича в 1996 г. начальником кафедры в нем раскрылись способности талантливого организатора научно-педагогического коллектива, немало сделавшего для успешной реализации учебно-воспитательного процесса, научного потенциала кафедры и для организации подготовки метрологов для Вооруженных Сил.

Является автором более 50 научных работ, среди которых учебники и учебные пособия для слушателей и курсантов военных учебных заведений, изданные в соавторстве с другими преподавателями кафедры, научные статьи и иные материалы.

После увольнения из Вооруженных Сил работал профессором кафедры «Метрологическое обеспечение авиационной техники».

Награжден 12 медалями, в том числе медалью «Ветеран Вооруженных Сил».