После окончания академии Михаил Иванович Ништ проходил службу на инженерных должностях ИАС. Затем был переведен на преподавательскую работу в Даугавпилсское военное авиационное техническое училище им. Я. Фабрициуса.

В 1966 г. поступил в адъюнктуру академии, в 1968 г. досрочно защитил кандидатскую диссертацию и был оставлен в академии на преподавательской работе.

С 1975 по 1994 г. занимал должность начальника кафедры аэродинамики. После увольнения в запас работал профессором этой кафедры.

Вклад М. И. Ништа в развитие аэродинамической науки, в разработку численных методов исследования в аэродинамике признан не только в России и странах СНГ, но и хорошо известен в ведущих авиационных странах всего мира. Многие годы руководил Международным семинаром по вопросам аэродинамики.

Много сил и таланта вложено М. И. Ништом в подготовку и написание 9 учебников для авиационных училищ и академий, 11 монографий, многочисленных научных трудов и учебных пособий — всего более 400, некоторые из которых претерпели несколько изданий, в том числе и за рубежом.

В 2000 г. М. И. Ништу (в числе других) за разработку комплекса учебников присуждена премия Президента России в области образования.

Им подготовлено 65 кандидатов технических наук, многие из которых стали докторами технических наук.

Действительный член Академии наук авиации и воздухоплавания.

Награжден орденом Красной Звезды, многими медалями, нагрудным знаком «За отличные успехи в работе».