После окончания академии Рахим Валеевич Мубаракшин был направлен на кафедру воздушной стрельбы преподавателем. Успешная защита кандидатской диссертации в 1951 г. позволила получить назначение на должность старшего преподавателя той же кафедры. По указанному профилю защитил докторскую диссертацию, получил звание профессора и в 1968 г. был назначен начальником кафедры прицельных систем стрельбы и бомбометания.

Р. В. Мубаракшин завершил службу в Вооруженных Силах в должности начальника кафедры. После увольнения продолжал педагогическую и научную деятельность в Московском авиационном институте им. С. Орджоникидзе в качестве профессора кафедры.

Автор более 80 научных трудов, 10 учебников и 39 учебных пособий, а также 4 монографий.

Много сил и таланта вложил в подготовку научно-педагогических кадров для ВВС и для авиационной промышленности: подготовил 10 кандидатов тех- нических наук.

Награжден орденом Красной Звезды и многими медалями.