С 1965 г. воинская служба, научная и научно-педагогическая деятельность Анатолия Георгиевича Моисеева связана с факультетом авиационного вооружения академии. В научно-исследовательской лаборатории кафедры вычисли- тельных машин военного применения сформировались его научные интересы, проявился талант исследователя и организатора военно-авиационной науки. В 1988—1994 гг. — начальник кафедры управляемых авиационных ракет, одной из ведущих кафедр академии.

А. Г. Моисеевым разработана теория многоступенчатых динамических систем, ставшая основой прикладных теорий — теории интегрированных интерактивных систем управления полетом и вооружением и статистической теории оптимального прицеливания. Разработанный им метод прицеливания, обеспечивающий атаку целей с пространственного маневра, нашел практическое применение в современных ЛА.

А. Г. Моисеев — член Центрального совета Ассоциации космонавтики России.

Автор более 130 научных трудов, среди них монографии, учебники, учебные пособия, статьи, содержащие фундаментальные научные результаты.

Профессор А. Г. Моисеев — создатель научной школы «Многоступенчатые динамические системы и многоэтапные процессы». В рамках школы под его руководством защищено 15 кандидатских диссертаций.

После увольнения из рядов Вооруженных Сил работал профессором кафедры прицельных систем стрельбы и бомбометания академии.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени и 11 медалями.