В годы Великой Отечественной войны Борис Николаевич Бабинский, будучи начальником управления заказов авиаремонтных средств, аэродромного и импортного оборудования ВВС Красной Армии, неоднократно вылетал в действующие части воздушной армии для оценки состояния боевой техники, обеспечения ее запчастями и ремонтными средствами.

В послевоенный период Б. Н. Бабинский работал заместителем начальника ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского по тылу.

Это были годы бурного развития авиационной науки и техники, поступление на вооружение ВВС новой реактивной техники. Перед армией была поставлена задача — внести свой вклад в освоение новой реактивной авиации

Личный состав руководимой Б. Н. Бабинским службы МТО с энтузиазмом включился в выполнение этой задачи. Была значительно расширена и переоснащена учебная и научно-экспериментальная база академии за счет площадей переданного академии корпуса «Е», закончилось сооружение аэродинамических труб больших скоростей, построена Тушинская лаборатория реактивных двигателей.

Заметно улучшились материально-бытовые условия жизни личного состава. Под Каширой в 1948 г. был открыт общевойсковой лагерь, корпуса детского сада и пионерского лагеря, до 1956 г. функционировал дом отдыха «Чемитокваджи» на побережье Черного моря для сотрудников и слушателей академии.

Награждён орденом Ленина, орденом Красного Знамени, орденом Красной Звезды, Отечественной войны 2 степени, орденом Богдана Хмельницкого и 13 медалями