После окончания факультета авиационного вооружения ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского Абрек Идрисович Аюпов служил в 8 ГНИКИ ВВС, где прошел путь от начальника группы эксплуатации до заместителя начальника института по научной работе.

За 28 лет испытательной работы принимал непосредственное участие в проведении более чем 50 программ государственных и специальных летных испытаний всех типов боевых авиационных комплексов (БАК), их оборудования и систем управления. В начале 1980-х гг. лично руководил приоритетными государственными испытаниями крылатых авиационных систем дальнего действия.

За время службы в 8 ГНИКИ ВВС Абрек Идрисович овладел уникальным опытом испытательной работы и знанием конструктивных недостатков боевых авиационных комплексов, причин появления обнаруженных недостатков. Все это позволило провести масштабную оптимизацию трассового измерительного комплекса ВВС с целью повышения боевой эффективности и эксплуатационной пригодности современных БАК.

В 1987 г. Абрек Идрисович Аюпов был переведен в Центральный аппарат ВВС. В 1989 г. назначается заместителем Главнокомандующего ВВС — начальником вооружения. С этого времени он руководил главными НИИ ВВС и авиапромышленности, ОКБ и авиационными заводовами-изготовителями, а также организовывал деятельность по размещению и контролю выполнения государственного оборонного заказа на авиапредприятиях СССР, а затем России. По инициативе А. И. Аюпова в академии создана кафедра метрологического обеспечения авиационной техники.

Абрек Идрисович Аюпов был Заслуженным деятелем науки и техники РФ (1995 г.), действительным членом Российской Академии ракетных и артиллерийских наук (1993 г.), Международной Академии информатизации (1993 г.), Академии инженерных наук РФ (1993 г.).

Абрек Идрисович Аюпов — основоположник научной школы по проектированию, созданию и совершенствованию трассового измерительного комплекса ВВС.

После увольнения из Вооруженных Сил работал в качестве советника руководителей ряда корпораций оборонно-промышленного комплекса РФ.

Автор более 130 научных трудов, в числе которых 2 учебника, 5 монографий, авторские свидетельства на изобретения, многочисленные научные статьи и отчеты по НИР.

Под руководством А. И. Аюпова подготовлено 5 докторов и 26 кандидатов технических наук.

Награжден многочисленными орденами и медалями Российской Федерации и зарубежных стран.