После окончания училища Станислав Станиславович Матюшонок проходил службу в качестве техника, старшего техника по авиационному вооружению в строевых частях ВВС. Закончив обучение в ВВИА, был оставлен в академии в учебной лаборатории, а вскоре получил назначение на должность начальника курса на факультете авиационного вооружения.

В 1999 г. руководство факультета, учитывая склонности С. С. Матюшонка к наставнической и воспитательной работе, а также из-за отсутствия на факультете должности заместителя начальника факультета по воспитательной работе, предложило ему внештатно возглавить это направление работы.

В этот непростой для Вооруженных Сил период воспитательная работа на факультете авиационного вооружения академии проводилась динамично и целенаправленно. Среди мероприятий, организованных С. С. Матюшонком, — беседы со слушателями и курсантами по самым злободневным вопросам социальной защищенности, реформы армии и т. п.

В повседневной деятельности Станислава Станиславовича следует отметить его доброжелательность и порядочность, отеческую заботу о подчиненных, сочетающуюся с высокой воинской требовательностью.

С 1995 г. С. С. Матюшонок — один из руководителей подготовки парадного полка академии и участник парадов на Красной площади.

Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» 2 степени и 10 медалями СССР и РФ.