В период с 1961 по 1966 г. Борис Николаевич Мальков проходил службу в частях авиации Московского военного округа. После окончания адъюнктуры проходил службу на преподавательских должностях кафедры философии ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского. С 1986 по 1997 г. — начальник кафедры.

Работы Б. Н. Малькова развивают научное направление, основанное доктором философских наук, профессором В. А. Бокаревым. Под его непосредственным руководством осуществлялись диссертационные работы, продолжающие научное направление, сложившееся в области философии и методологии военно-технических наук и военно-инженерной деятельности.

Под руководством Б. Н. Малькова опубликован ряд работ, посвященных методологическим проблемам воинской деятельности, проблемам войны и воинского долга в русской философии, жизни и деятельности основоположников отечественной авиации, военно-инженерного творчества, воспитательной работы в воинском коллективе. Начиная с 1998 г. работает в области философии права, разрабатывает концепцию права как рефлексивной системы нормативно-властного регулирования общественных отношений.

Автор более 150 научных и педагогических работ, среди которых монографии «Система военно-технических знаний» (1983 г.), «Основы философии права» (2006 г.) и другие.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени, а также рядом медалей СССР и РФ.