Научно-педагогическая деятельность Марии Михайловны Макаровой охватывала широкий диапазон различных направлений. Это прежде всего филологическое исследование особенностей письменной научно-технической речи, методические требования к учебным материалам по обучению чтению, переводу и устной речи общевоенной и авиационной тематики и другие.

Обладая большими организаторскими способностями и талантом, она более 30 лет возглавляла кафедру иностранных языков. Под ее руководством были разработаны новые учебные курсы для ПРИС, инженеров-математиков, летчиков-исследователей и курсантов, для которых были сформированы стратегии обучения, написаны программы, собран банк оригинальной литературы по специальностям академии, подготовлены аудио- и видеотеки.

Являясь членом, а затем председателем НМК по иностранным языкам при Управлении кадров и военного образования МО, принимала активное участие в совершенствовании преподавания иностранных языков в высших военно- учебных заведениях страны. При ее личном участии был организован обмен научно-методическим опытом, проводились ежегодные конференции.

М. М. Макарова является автором и соавтором ряда учебников немецкого языка, изданных Воениздатом, а также большого числа учебных пособий по английскому и немецкому языкам издания академии.

Профессор М. М. Макарова неоднократно поощрялась командованием ВВС и академии.

Награждена орденом «Знак Почета», медалью, памятными значками и многочисленными грамотами.