После окончания адъюнктуры ВВИА и успешной защиты диссертации Владимир Павлович Кутахов был оставлен для дальнейшего прохождения службы в академии, где прошел ряд научных и педагогических должностей. В 1986 г. он возглавил кафедру радиотехнических и квантовых устройств факультета радиоэлектронного оборудования, а в 1992 г. Владимир Павлович был назначен заместителем начальника академии.

Сформированное В. П. Кутаховым новое научное направление – лазерные системные технологии, используется в системах оценки обстановки, управления ЛА, в системах оружия на основе лазерной и световодной техники.

К основным научным результатам его деятельности можно отнести разработку технологии информационного взаимодействия систем в процессе боевых действий, математические модели информационных каналов и систем, принципы создания нового класса авиационных информационных систем – аппаратурно-интегрированных комплексов бортового оборудования.

В. П. Кутахов являлся руководителем крупных научно-технических проектов, объединявших более полусотни предприятий оборонного комплекса по разработке концепции модернизации самолетов ВВС.

Уделял большое внимание внедрению в учебный процесс новых информационных технологий. Под его руководством разработаны и реализованы программы переподготовки профессорско-преподавательского состава вузов МО на новые формы обучения.

Автор более 300 научных трудов, в числе которых монография и 19 авторских свидетельств, ряда теоретических трудов в области новых методов и систем подготовки кадров.

Воспитал более 20 кандидатов, 4 докторов технических наук.

Долгое время являлся членом Президиума ВАК РФ по присвоению ученых степеней и званий, председателем экспертного совета ВАК РФ по военной науке и технике. Академик — вице-президент Академии наук авиации и воздухоплавания.

После увольнения из Вооруженных Сил работал заместителем генерального директора ГосНИИ АС (2003–2007), с 2008 г. — заместитель начальника управления по авиационной технике Госконцерна «Ростехнологии».

Награжден орденом Красной Звезды, орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени, орденом «За заслуги перед Отечеством» 3 степени и многими медалями.