С 1969 г. после успешной защиты кандидатской диссертации Юрий Борисович Кулифеев занимал различные научные и преподавательские должности на кафедре электронной автоматики и в научно-вычислительном отделе академии. С 1985 по 1988 г. был начальником кафедры электрооборудования. С 1988 по 1994 г. Ю. Б. Кулифеев возглавлял факультет авиационного оборудования и внес значительный вклад в организацию учебного процесса, повышение его научного и технического уровня, в дело воспитания курсантов и слушателей.

Ю. Б. Кулифеев является одним из основоположников научной школы технической кибернетики и идентификации в авиации. Он является крупным специалистом в области летных испытаний летательных аппаратов и систем их автоматического управления. Под его непосредственным руководством и при личном участии разработаны многие методики испытаний воздушных подвижных объектов, используемые в настоящее время в конструкторских бюро и испытательных центрах.

Юрием Борисовичем и его учениками были выполнены важные исследования электрифицированных систем управления силовыми установками ЛА военного назначения.

Автор более 140 учебно-методических и научных трудов, в том числе монографии и 3 учебников.

Проводит большую работу по подготовке научно-педагогических кадров. Более 30 его учеников стали кандидатами технических наук.

После увольнения из рядов Вооруженных Сил научно-педагогическая деятельность Ю. Б. Кулифеева была связана с кафедрой электрооборудования, профессором которой он являлся.

Награжден многими медалями, в том числе медалью «За боевые заслуги».