После защиты кандидатской диссертации Михаил Степанович Козлов был назначен преподавателем кафедры «Авиационные приборы и автоматика». В 1963 г. — старший преподаватель этой же кафедры. С 1971 по 1978 г. — начальник кафедры «Пилотажно-навигационное оборудование, тренажеры и высотное снаряжение».

В 1950—1970 годы, в годы развития инерциальной навигации, ракетной техники и космонавтики Михаил Степанович Козлов издает первые в стране учебники по этой тематике.

Труды активно работающей на кафедре школы навигационного оборудования, в которой одним из ведущих специалистов был М. С. Козлов, послужили основой для разработки отечественных инерциальных систем.

Автор более 85 научных трудов, соавтор 8 учебников и учебных пособий.

Под его руководством 14 человек защитили кандидатские диссертации.

После увольнения из Вооруженных Сил работал доцентом на кафедре «Электронная автоматика», успешно передавая свой научный и методический опыт молодым преподавателям.

Награжден 11 медалями СССР и РСФСР, в том числе медалью «Ветеран Вооруженных Сил».