После окончания адъюнктуры Михаил Анатольевич Киселев прошел путь от научного сотрудника до начальника отделения — старшего научного сотрудника, от старшего преподавателя до заместителя начальника кафедры аэромеханики, систем безопасности и динамики полета.

В своих работах обосновал подход к формированию внешнего облика беспилотного самолета-истребителя, отличающийся от известных тем, что основные технические параметры летательного аппарата рассчитываются совместно с синтезом алгоритмов автоматического управления с целью достижения заданного уровня боевой эффективности. Разработал методики синтеза алгоритмов траекторного автоматического управления истребителем в ближнем маневренном воздушном бою на основе обобщения опыта имитационного моделирования и на основе прогноза действий противника. Предложил новую модификацию прямого вариационного метода, что позволило решить задачу перехвата как задачу оптимального управления с подвижными конечными условиями.

За высокое педагогическое мастерство в 2008 г. был номинирован и стал победителем конкурса преподавателей военно-учебных заведений Министерства обороны Российской Федерации на получение гранта «Благотворительного фонда В. Потанина».

Автор более 50 научных работ, среди которых 3 учебных пособия, 14 научно- исследовательских работ.

Подготовил 2 кандидатов технических наук.

Награжден 4 медалями РФ, среди которых медаль «За воинскую доблесть» 2 степени.