После окончания училища Андрей Леонидович Аникин был назначен на должность инженера кафедры систем радиоуправления и вычислительных машин. С 1994 г. проходил службу в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского на кафедре автоматизированных систем радионавигации и радиосвязи в должностях адъюнкта, преподавателя, заместителя начальника кафедры, начальника кафедры.

Пройдя научное становление в коллективе всероссийской и признанной в мире научной школы «Статистическая радиотехника и методы оптимального построения систем радиосвязи и радионавигации», в настоящее время профессор А. Л. Аникин является известным ученым и успешно продолжает богатые традиции, заложенные в коллективе научной школы. Им выполнены фундаментальные и прикладные исследования в области применения теории оптимального управления и оптимальной фильтрации к задачам синтеза и анализа авиационных многофункциональных интегрированных радиоэлектронных систем связи и навигации.

За время руководства научно-педагогическим коллективом полковник А. Л. Аникин зарекомендовал себя талантливым организатором и высококвалифицированным специалистом по внедрению современных научных достижений и новых информационных технологий для успешной реализации учебно-воспитательного процесса и научного потенциала кафедры.

Его научные достижения широко используются образовательными, научно-исследовательскими учреждениями, а также промышленными организациями при формировании облика и принципов построения перспективных авиационных комплексов.

Автор более 100 научных трудов.

Под его непосредственным руководством подготовлено 7 кандидатов технических наук.

Награжден 4 медалями.