В ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского с 1941 по 1959 г. С 1949 г. Евгений Алексеевич Ананьев служил преподавателем и заместителем начальника кафедры проектирования самолетов, с 1955 по 1959 г. — старшим преподавателем кафедры конструкции ЛА.

Замечательный педагог. Создал раздел по боевой эффективности ЛА для новой дисциплины кафедры. Ввел в проектирование оценку боевой эффективности ЛА.

Евгений Алексеевич Ананьев первым в СССР разработал основы теории боевой эффективности летательных аппаратов. Предложил критерии и вывел аналитические соотношения, позволяющие определять уровень боевой эффективности истребителей и бомбардировщиков с учетом всех основных этапов их функционирования. Ввел понятие боевой экономичности ЛА и вывел формулы для ее определения. Предложил правила ведения и обработки статистики боевой и учебно-боевой работы ЛА. Достигнутые результаты вызвали большой интерес научной общественности и военных специалистов и привели к интенсификации исследований боевой эффективности различных видов вооружения в научных учреждениях страны.

Автор 20 крупных научных трудов, в том числе монографии и первого в СССР учебника (в соавторстве) по конструкции и боевой эффективности ЛА.

Подготовил 2 кандидатов технических наук.

Награжден орденом Красной Звезды и 5 медалями.