После окончания училища Юрий Николаевич Жуковский проходил службу на технических должностях в противолодочной карабельной вертолетной эскадрилье авиации Тихоокеанского флота. Инициативный и грамотный офицер был замечен командованием и рекомендован для поступлению в академию. Успешно ее окончив, Ю. Н. Жуковский прибыл для дальнейшего прохождения службы в ту же противолодочную карабельную вертолетную эскадрилью в качестве заместителя командира по ИАС.

С ноября 1981 г. Ю. Н. Жуковский в ВВИА, прошел ряд инженерных должностей на кафедре инженерно-авиационной службы. Затем был назначен в аппарат управления академии и в 1988 г. возглавил строевой отдел.

Требовательный к себе и к подчиненным, Юрий Николаевич обладал организаторскими способностями руководителя. Под его руководством личный состав строевого отдела успешно решал большой объем разнообразных задач, касающихся организации внутреннего порядка и службы войск академии. В его обязанности входила подготовка полка парадного расчета академии, принимавшего участие в парадах на Красной площади г. Москвы. За успешное выполнение поставленных задач неоднократно поощрялся Министром обороны и командованием академии.

С 1992 г. Ю. Н. Жуковский продолжил службу в Главном организационно- мобилизационном управлении ГШ ВС РФ.

Награжден орденом «За военные заслуги» и рядом медалей.