После окончания училища до поступления в академию Владимир Юрьевич Шишкин проходил службу в одной из специальных авиационных частей Северного флота. По окончании академии служил на кафедре эксплуатации авиационного радиоэлектронного оборудования, где прошел путь от старшего научного сотрудника НИЛ до начальника кафедры.

В должности начальника кафедры зарекомендовал себя умелым и инициативным руководителем, способным ставить перед подчиненными сложные задачи, направленные на развитие кафедры, и добиваться их решения. Одним из приоритетных направлений его работы является организация взаимодействия кафедры с Управлением технической эксплуатации и войскового ремонта авиационной техники и вооружения ВВС, НИУ ВВС и авиационными частями, что позволяет умело руководить учебной, методической и научной работой кафедры, внедрять в учебный процесс новые информационные технологии. Являясь высококвалифицированным специалистом в области боевого применения и технической эксплуатации авиационных радиоэлектронных комплексов, осуществляет на кафедре научное руководство НИР по актуальной для ВВС тематике. Полученные им результаты направлены на повышение эффективности существующей системы технической эксплуатации, имеют большую научную и практическую значимость и получили признание в НИУ ВВС.

Имеет около 60 публикаций.

Подготовил 4 кандидатов технических наук. Является членом 2 докторских диссертационных советов.

Член Совета учебно-методического объединения высших учебных заведений Российской Федерации по образованию в области эксплуатации авиационной и космической техники.

Награжден 6 медалями, в том числе «За отличие в воинской службе» и «За укрепление боевого содружества».