После окончания Военного института физической культуры Владимир Ильич Шалупин проходил службу в должностях начальника физподготовки и спорта авиационного полка (1979—1985), авиационной дивизии (1985—1988).

В 1988 г. В. И. Шалупин был назначен старшим преподавателем, затем начальником кафедры физподготовки и спорта ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского. Под его руководством и при участии на кафедре была разработана и внедрена в учебный процесс методика проведения занятий по дисциплинам физической культуры.

Показателем работы В. И. Шалупина и руководимого им коллектива были призовые места, завоеванные спортсменами сборных команд академии на спартакиадах Вооруженных Сил и ВВС.

Большое внимание уделял тренировкам академической команды по офицерскому троеборью. Разработанный им системный подход к организации тренировочного процесса спортсменов способствовал подготовке Владимиром Ильичем 5 мастеров спорта.

Автор более 50 научных работ по теории и практике физической культуры и спорта.

После увольнения из Вооруженных Сил работал заведующим кафедрой физвоспитания Московского государственного технического университета гражданской авиации.

Награжден орденом «За военные заслуги» и 8 медалями.