В 1965 г. на факультете авиационного оборудования на кафедре пилотажно- навигационных комплексов совместно с Миноборонпромом была организована проблемная НИЛ специальных систем автоматического управления, первым начальником которой стал Борис Александрович Фомкин.

Научно-экспериментальная деятельность возглавляемого им коллектива во многом способствовала внедрению результатов НИР по одноканальным системам измерения и управления в опытно-конструкторские разработки и серийные образцы боевой авиационной техники. Участие Б. А. Фомкина в проводимых лабораторией актуальных для ВВС исследованиях позволило ему в дальнейшем подготовить и защитить кандидатскую диссертацию.

В 1967 г. Б. А. Фомкина переводят на работу в научно-исследовательский отдел академии, где он прошел должности от старшего помощника до начальника отдела. В этот период было налажено тесное взаимодействие и научные связи академии с ГК НИИ ВВС.

После увольнения из рядов Вооруженных Сил Борис Александрович продолжал трудиться старшим научным сотрудником НИО академии. С 1999 г. Б. А. Фомкин работал ученым секретарем Ученого совета академии. По его предложению в работу совета внедрен комплекс новых информационных технологий отображения иллюстративных материалов для выступающих членов совета и налажен контроль реализации принимаемых советом решений.

Б. А. Фомкин — был председателем совета ветеранов академии.

Автор более 70 научных трудов и изобретений.

По его инициативе в академии выпущены монографии, соавтором и редактором которых он является. Это «Вклад ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского в Победу в Великой Отечественной войне», а также «Звездный выпуск «Жуковки», посвященный учебе в академии первых космонавтов.

Б. А. Фомкин являлся делегатом XV Съезда ВЛКСМ в 1966 г.

Трудовая и общественная деятельность Б. А. Фомкина отмечена Комитетом общественных наград. Он кавалер ордена Святого Александра Невского и ордена Ломоносова. За организацию научных исследований и подготовку кадров для авиационной и космической отрасли удостоен Федерацией авиации и космонавтики медали Э. К. Циолковского и медали Ю. А. Гагарина.

Награжден орденом Красной Звезды, 15 медалями СССР и РФ, а также медалями зарубежных государств.