После окончания МГУ Алексей Викторович Сетуха был призван на службу в Вооруженные Силы, которую проходил в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского. После увольнения из армии остался в академии на кафедре высшей математики на преподавательской работе. С 2007 г. — заведующий кафедрой высшей математики. Кроме педагогической деятельности уделяет большое внимание научно-исследовательской работе.

Алексеем Викторовичем Сетухой получены важные результаты по обоснованию и совершенствованию численных методов сингулярных интегральных уравнений, а также вихревых методов гидродинамики.

Вместе с коллегами разработал комплексы вычислительных программ по моделированию на ЭВМ аэродинамики зданий и сооружений (по данному комплексу программ выполнено более 80 работ по расчету ветровой ситуации вблизи проектируемых комплексов высотных зданий и сооружений в г. Москве) и по расчету аэроупругих характеристик парашютов (внедрен в ФГУП «НИИ парашютостроения»).

Член научно-методического совета по математике при Министерстве образования и науки РФ. Сопредседатель оргкомитета международных симпозиумов «Методы дискретных особенностей в задачах математической физики — МДОЗМФ». Заместитель председателя одного из диссертационных советов ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского.

Автор более 70 научных публикаций.

Подготовил 2 кандидатов наук.

Награжден рядом медалей.