После окончания института до призыва в Вооруженные Силы Евгений Евгеньевич Семенов работал на предприятиях и НИИ Министерства радиопромышленности СССР. В этот период Е. Е. Семенов участвовал в разработке и летно-конструкторских испытаниях системы предупреждения ракетного нападения космического базирования 1-го поколения.

Службу в армии Евгений Евгеньевич Семенов начал в Главном информационно-вычислительном центре ВВС на инженерных должностях, занимаясь разработкой и внедрением в эксплуатацию специальных оперативно-тактических задач. После окончания адъюнктуры ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского и успешной защиты диссертации проходил службу в должностях: преподаватель, старший научный сотрудник, начальник научно-исследовательской лаборатории, старший преподаватель кафедры «Приборное и навигационное оборудование летательных аппаратов» академии. В 1994 г. Е. Е. Семенов был назначен на должность начальника той же кафедры.

После увольнения из Вооруженных Сил работал доцентом кафедры «Приборное, высотное и оптико-электронное авиационное оборудование» и по совместительству начальником отдела в Московском опытно-конструкторском бюро «Марс».

Автор более 60 научных работ, среди которых 12 ОКР в области систем управления для разгонных блоков, космических и беспилотных летательных аппаратов.

Научная и общественная деятельность Е. Е. Семенова отмечена почетными медалями Ю. А. Гагарина 1 и 2 степеней.

Награжден 12 медалями, в том числе медалью «За отличие в воинской службе» 1 и 2 степеней.