После окончания филиала академии с 1999 по 2001 г. Алексей Васильевич Сапожников проходил службу инженером центра автоматизированных систем управления командного пункта корпуса ВВС и ПВО в СКВО. После досрочного окончания адъюнктуры с 2004 по 2006 г. прошел должности младшего научного сотрудника, научного сотрудника научно-исследовательского отдела академии, систематически изучая и внедряя в работу достижения науки и техники в области своей специальности и смежных с ней. Принимал активное участие в разработке и реализации планов НИР и подготовке научно-педагогических кадров на кафедре пилотажно-навигационных комплексов (и авиационных тренажеров), в исследовании состоящего на вооружении и в разработке перспективных образцов авиационного электротехнического оборудования.

С 2006 г. – в научно-методическом центре академии на должности начальника информационной лаборатории, а затем начальника научно-методического центра — старшего научного сотрудника.

Под непосредственным руководством А. В. Сапожникова проводились НИР в областях: исследование проблем компьютеризации и информатизации образовательного процесса; проектирование и создание телекоммуникационной инфраструктуры информационной образовательной среды академии; разработка методов и систем дистанционной формы обучения для вузовской подготовки обучаемых по основным и дополнительным образовательным программам; анализ методико-психологического воздействия на обучаемых информатизации образовательного процесса.

В 2010 г. был назначен заместителем начальника кафедры электронной автоматики (и авиационных тренажеров).

Является автором более 40 научных трудов, в том числе учебника (в соавторстве), отчетов по НИР и научно-методических статей.

Награжден 2 медалями.