После окончания академии с 1959 по 1965 г. Геннадий Александрович Музалев служил в ГНИИ ЭРАТ ВВС на должностях инженера лаборатории, помощника ведущего инженера, ведущего инженера. Адъюнктуру ВВИА успешно закончил защитой диссертации.

За годы службы в академии прошел должности преподавателя, старшего преподавателя, с 1983 г. — заместителя начальника факультета авиационного оборудования. На должности заместителя начальника факультета проявил себя способным организатором, много сделавшим для обеспечения и контроля учебно-воспитательного процесса и развития лабораторной базы кафедр факультета.

За годы преподавательской деятельности Г. А. Музалев был руководителем более 45 дипломных проектов и работ, в том числе руководителем проекта будущего первого космонавта Монголии Жугдэрдэмидийна Гуррагчи.

С 2000 по 2008 г. исполнял обязанности ученого секретаря диссертационного совета факультета авиационного оборудования.

Автор более 80 научных публикаций, среди которых 4 учебника и 13 научных пособий.

После увольнения из Вооруженных Сил работал профессором кафедры эксплуатации комплексов авиационного оборудования и систем объективного контроля.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени и 8 медалями.