После окончания училища до поступления в академию Валерий Козьмич Игнаткин служил бортовым техником самолета в одной из частей ВТА. Обучаясь на инженерном факультете академии, В. К. Игнаткин активно занимался научно-исследовательской работой на кафедре теории авиационных двигателей.

По итогам Всесоюзного конкурса в 1969 г. приказом Министра высшего и среднего специального образования СССР В. К. Игнаткин был награжден медалью «За лучшую научную студенческую работу».

По завершении учебы в академии его назначают преподавателем военной кафедры Московского авиационного института имени С. Орджоникидзе, а после окончания адъюнктуры академии — преподавателем кафедры теории авиационных двигателей ВВИА.

С 1976 по 1985 г. В. К. Игнаткин выполнял обязанности ученого секретаря Ученого совета и Специализированного совета факультета пилотируемых летательных аппаратов.

В 1987 г. Валерия Козьмича Игнаткина назначают заместителем начальника этого факультета, где он служил до увольнения из Вооруженных Сил. Работал доцентом кафедры теории авиационных двигателей академии.

Является автором более 30 научных трудов, среди которых учебные и учебно-методические пособия по дисциплинам кафедры, изучению авиационных двигателей, отчеты по НИР.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени и 8 медалями.