После окончания академии Рафаэль Абдуллович Закиров проходил службу в отдельном конструкторско-технологическом бюро ВВС и в специальной части ВВС МВО. В 1962 г. — кандидат в космонавты 2-го набора ВВС. Во время Карибского кризиса 1962 г. участвовал в стратегической операции «Анадырь».

В 1967 г. после окончания адъюнктуры ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского защитил диссертацию и был назначен на должность преподавателя кафедры «Авиационные приборы и навигационные системы».

В учебных 1967—1968 гг. проводил учебные занятия с первым отрядом советских космонавтов. В 1972 г. командирован в Корейскую Народно- Демократическую Республику для работы в качестве специалиста-преподавателя по учебной дисциплине «Авиационные тренажеры».

С 1978 г. — преподаватель, старший преподаватель кафедры «Автоматизированные системы управления ВВС». Создал в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского научное направление по автоматизированному управлению техническим обеспечением связи, АСУ и РТО ВВС.

Является автором более 100 научных работ, среди которых 4 учебника для слушателей, курсантов академии и других высших авиационных инженерных учебных заведений, 3 монографии, 3 научные статьи в трудах АН СССР.

Им подготовлено 2 кандидата технических наук и более 70 дипломированных инженеров.

После увольнения из Вооруженных Сил работал профессором кафедры «Автоматизированные системы управления ВВС».

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3 степени, грамотой Президиума Верховного Совета СССР воину-интернационалисту, 15 медалями, в том числе одной иностранной.