До назначения в академию Евгений Евгеньевич Шишковский имел большой опыт работы в военных учебных заведениях. В 1924 г. назначен начальником учебно-методологической части академии. Под его руководством с 1924 по 1927 г. усилия личного состава учебной части и преподавателей академии были направлены на решение основных задач становления и развития образовательного процесса в академии. Для обеспечения литературой учебных групп создаются издательские комиссии, которые оформляли записанный лекционный материал и размножали его литографским способом, позднее этой работой стала заниматься включенная в штат академии редакционная часть. При его непосредственном участии разработана Инструкция по дипломному проектированию. На основе анализа предыдущих переходных планов для каждого курса по годам приема переработаны учебные планы академии, целевая установка которых была впервые увязана с эксплуатационной направленностью подготовки. Стандартизированы виды практик: заводская, аэродромная, войсковая. Упорядочена система оформления перевода слушателей с курса на курс.

Евгений Евгеньевич Шишковский вошел в историю академии как методист с широким кругозором, хорошо разбирающийся в тонкостях учебно- воспитательного процесса, а также талантливым организатором образовательного процесса.

В 1927 г. Е. Е. Шишковский закончил службу в академии и перешел на работу в МВТУ им. Н. Э. Баумана.