После окончания училища лейтенант Иван Антонович Шайко был направлен в истребительный авиационный полк, где проходил службу в должностях техника и начальника группы радиоэлектронного вооружения. В 1976 г. поступил в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского, а затем в адъюнктуру академии, которую успешно закончил защитой диссертации. В 1993 г. он назначается заместителем начальника Метрологической службы ВС РФ, а в 1997 г. — начальником Метрологической службы ВС РФ — Главным метрологом.

В 2001 г. по инициативе Ивана Антоновича Шайко организован Координационный комитет метрологических служб государств — участников СНГ, председателем которого он являлся с 2001 по 2008 г. По его предложению в 2006 г. ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского была определена базовой организацией по подготовке метрологов Вооруженных Сил государств — участников СНГ, также принимал активное участие в создании и оснащении кафедры «Метрологическое обеспечение авиационной техники» академии.

И. А. Шайко — автор более 80 научных работ, среди которых монография, 2 учебных пособия, 3 Государственных стандарта, 4 авторских свидетельства, 3 патента на изобретения.

Организатор и один из авторов программ метрологической подготовки личного состава ВС РФ. Участник разработки Федерального закона «О единстве измерений».

Участник боевых действий.

Награжден орденом «За военные заслуги» и 19 медалями, а также знаками отличия Министерства обороны РФ.