По окончании училища Игорь Николаевич Гончаров проходил службу в строевых частях ВВС и ПВО. Окончив ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского, был назначен начальником учебной лаборатории одной из кафедр факультета авиационного радиоэлектронного оборудования.

С 1983 г. начальник научно-исследовательской лаборатории кафедры радиоэлектронной борьбы. С 1984 по 1987 г. — начальник кафедры. В 1987 г. назначен на должность заместителя начальника по научной работе 30 ЦНИИ МО, а затем — на должность председателя научно-технического комитета ВВС.

Им лично был инициирован ряд исследований в нетрадиционных для РЭБ областях, были организованы и проводились летные эксперименты, велись разработки комплексных тренажеров по РЭБ, на которых можно было отрабатывать как инженерно-технические, так и оперативно-тактические задачи, а также осуществлять контроль и оценку качества эффективности принятых решений по РЭБ.

Значителен вклад Игоря Николаевича в дело подготовки научных и педагогических кадров для учебных заведений ВВС.

После увольнения из рядов Вооруженных Сил И. Н. Гончаров возглавил крупную некоммерческую организацию «Российский Авиафонд», созданную по решению Правительства России, где смог эффективно построить работу по продвижению государственных программ, направленных на развитие российской авиации.

Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 2 и 3 степени и медалями.