Всеволод Алексеевич Протопопов работал в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского с 1940 по 2001 г. с перерывами.

В первый период (1940—1947) работал на кафедре артиллерийского вооружения (инженер, начальник лаборатории, преподаватель). После защиты кандидатской диссертации был назначен помощником начальника 4-го управления ГК НИИ ВВС.

Второй период (1950—1957) начался с защиты докторской диссертации, после чего был назначен начальником кафедры СПВ, заместителем начальника ВВИА. Был отправлен в заграничную командировку (1957—1959) в качестве старшего советника начальника Военной инженерной академии (КНР, г. Харбин). Далее Всеволод Алексеевич работал в НТК ВВС, затем в должности заместителя начальника ЦНИИ-30 и в 1962 г. вновь вернулся в ВВИА им. проф. Н. Е. Жуковского в качестве начальника кафедры вычислительной техники.

После увольнения из Вооруженных Сил В. А. Протопопов работал профессором этой же кафедры.

Автор более 50 научных трудов, из них 3 учебника.

Подготовил 15 кандидатов технических наук.

Работы В. А. Протопопова были использованы промышленностью при разработке ряда авиационных прицелов серии АСП.

Награжден 2 орденами Красной Звезды, орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» и 15 медалями, в том числе медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.», «Ветеран Вооруженных Сил».