В период с 1973 по 1978 г. Михаил Николаевич Конотопов проходил службу в частях ВВС на инженерных и штабных должностях.

После окончания адъюнктуры академии назначен преподавателем кафедры вооружения. С 1987 по 1996 г. — заместитель начальника, а с 1996 г. — начальник кафедры вооружения. Внес значительный личный вклад в ее развитие.

М. Н. Конотопов — научный руководитель, ответственный исполнитель многих научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. Направление научной деятельности связано с эксплуатацией, живучестью и безопасностью авиационных боеприпасов, а также диагностикой их после нерегламентированных воздействий.

В рамках научной школы по авиационному вооружению создал новое научное направление, связанное с обоснованием и разработкой теории и практических способов инструментальной экспресс-диагностики взрывоопасности авиационных боеприпасов, подвергшихся аварийным и поражающим воздействиям.

Автор и соавтор более 70 научных трудов, в том числе 4 учебников и 20 учебных пособий.

Подготовил 10 кандидатов технических наук.

Награжден орденом Почета, медалью «За заслуги в ядерном обеспечении» и другими.